SRA Toolkitのインストール

NCBI SRA に登録されているデータを扱うには SRA Toolkit が必要になる。

SRA Toolkit のインストール

SRA Toolkit のダウンロードサイトから自分のOSに合わせたファイルをダウンロードする。

# プレバイナリファイルを取得し、解凍する
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz
tar xzvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz
# パスを通す
export PATH=${PATH}:~/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin

Aspera connect のインストール

Aspera connect は大規模データの高速転送に有用なソフト。ダウンロードサイトからOSに合わせてダウンロードする。

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.6/ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.tar.gz
tar zxvf aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.tar.gz
# 解凍後、作成されたshellスクリプトを実行する。
./aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh
# 作成されたascpファイルへのリンクをPATHに通す
ln -s ~/.aspera/connect/bin/ascp ~/bin

まとめ

  • SRA Toolkit
  • Aspera connect

以上のふたつをインストールし、パスを通すことで SRA Toolkit が使えるようになる。これでprefetchやfastq-dumpによるNCBIからのSRAデータの取得が可能となった。

prefetchやfastq-dumpによるNCBIからのSRAデータ取得方法はこちら

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