RAxMLによる系統樹の作成

RAxMLは最尤法を用いて系統樹を作成するプログラムである。最尤法を用いているツールとしては高速だが、最尤法なので速度にはあまり期待しない方がいい。マシンパワーもそれなりに必要となる。

インストール

githubからダウンロードする。

# githubのクローン
git clone https://github.com/stamatak/standard-RAxML.git
# wget を用いてダウンロードする場合
wget https://github.com/stamatak/standard-RAxML/archive/master.zip
unzip master.zip

RAxMLにはいくつかのバージョンがあり、使用したいバージョンによってコンパイルの方法が異なる。

効率性の観点から、AVX.PTHREADSというバージョンをここではインストールすることにする。

# ダウンロードしたRAxMLのディレクトリ上でmake
make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc
# 不要なファイルの削除
rm *.o
# パスを通す
ln -s /path/to/raxmlHPC-PTHREADS-AVX ~/usr/bin

最適なモデルの探索

系統樹を作成する前に、手持ちの遺伝子セットの系統樹作成に最適なモデルを見つける必要がある。

モデル探索のためのソフトウェアはいくつかあるが、最も簡単なのはMEGAを用いる方法だろう。MEGAの機能は多岐に渡るが、実はモデルの探索もおこなえる。

MEGAを用いたモデルの探索については別の記事にまとめる。

系統樹の作成

いよいよRAxMLを用いた系統樹の作成である。

後日追記。